Arquivo X — Temporada 6

Mulder fica nada entusiasmado quando o conselho do Gabinete de Conduta Profissional se recusa a readmitir ele e Scully no Arquivo X, e menos ainda ao saber que os agentes Spender e Fowley são os seus sucessores. Quando Gibson Praise reaparece pedindo ajuda, Mulder e Scully tentam continuar a sua busca de forma secreta, apesar de terem menos aliados, acessos e proteção do que nunca.

Mulder fica preso em um carro com um homem que desenvolveu uma grave condição no ouvido que só pode ser controlada se ele dirigir para o oeste em alta velocidade. Enquanto Scully tenta encontrar a causa e a cura para o problema, Mulder e o homem se aproximam cada vez mais do oceano.

Mulder viaja até o Triângulo das Bermudas ao saber que o Queen Anne, um transatlântico de luxo britânico que desapareceu durante a Segunda Guerra Mundial, reapareceu no meio do Mar de Sargaços. O barco de Mulder naufraga e, após ficar à deriva, ele é resgatado pelo navio, que acabou de ser sequestrado por nazistas à procura do homem que construirá a bomba atômica. Mulder tenta convencer a tripulação de que viajou para o futuro, mas as evidências sugerem que foi ele quem voltou ao passado.

Enquanto são detidos perto da famosa Área 51 ('Terra dos Sonhos'), uma nave estranha sobrevoa o local e Mulder troca de corpo com um 'Homem de Preto' da base. Enquanto o outro agente se diverte no corpo de Mulder, o próprio Mulder acha difícil se adaptar à vida de outra pessoa, especialmente uma tão secreta. Mulder entra em contato com Scully sobre a troca e tenta conseguir o gravador de dados do voo de teste do OVNI, mas seu alter ego usa a identidade de Mulder no FBI para mandá-lo prender.

Mulder é jogado na prisão do complexo da Área 51, mas é libertado quando descobrem que o gravador de dados de voo que ele roubou era falso. Scully cai em si, percebe que o Mulder diante dela não é quem diz ser e volta para Nevada para ajudar o verdadeiro parceiro. Enquanto isso, o mecanismo que causou a troca de corpos está prestes a reverter rapidamente, desfazendo tudo pelo caminho, e Mulder e seu alter ego precisam correr para voltar aos seus devidos lugares.

Mulder convence Scully a investigar uma casa assombrada na véspera de Natal, onde vários casais encontraram seus trágicos destinos nessa mesma noite. Lá, eles enfrentam truques e armadilhas sem fim criados por um casal de fantasmas que originalmente fez um pacto de suicídio amoroso na casa. Os espíritos tentam convencer Mulder e Scully a matarem um ao outro.

Depois que o exame de ultrassom do filho que um casal espera revela protuberâncias estranhas na cabeça e nas costas, o feto é retirado de dentro da mãe por uma criatura demoníaca enquanto ela dorme. Mulder começa a investigar o caso depois que o agente Spender descarta as alegações, e descobre que o pai é, na verdade, um demônio que deseja desesperadamente ter um filho normal.

Fenômenos meteorológicos estranhos em uma pequena cidade levam Mulder a acreditar que as emoções profundas e o amor platônico de um meteorologista por sua colega de trabalho estão se materializando na forma de neve e tornados.

Mulder e Scully têm 24 horas para salvar o Diretor Assistente Skinner de morrer por uma doença geneticamente modificada. A enfermidade parece ter sido criada por uma organização governamental sombria, mas para salvar a vida de Skinner, eles precisam determinar quem o quer morto e o porquê. Com a piora do estado de Skinner, Mulder busca a ajuda do senador Matheson, esperando que ele forneça respostas e ajude a encontrar a cura.

O Diretor Assistente Kersh tenta separar Scully e Mulder ao colocar Scully como parceira de um agente de Nova York que investiga Alfred Fellig, um fotógrafo policial freelancer que convenientemente aparece para registrar cenas de crimes assim que as mortes acontecem. Enquanto o jovem e ambicioso agente está convencido de que Fellig está assassinando as pessoas, Scully tem outras teorias (paranormais).

Enquanto o Homem Fumante relata a um ouvinte oculto tudo sobre o trabalho do Sindicato envolvendo uma conspiração global em cooperação com uma espécie alienígena, Cassandra Spender reaparece e passa a ser caçada por cientistas que preferem matá-la a mantê-la viva. Cassandra foge para o apartamento de Mulder e exige que ele atire nela, pois ela é o ápice de 50 anos de trabalho — um híbrido humano-alienígena vivo — e a colonização começará se os alienígenas descobrirem sua existência.

O Homem Fumante revela todos os segredos do governo dos últimos 50 anos para que seu filho, Jeffrey Spender, junte-se a ele em seu trabalho. Mulder descobre que a fase final da conspiração começará em breve com a hibridização dos membros do Sindicato, e ele precisa impedir que isso aconteça. O agente Spender engana seu pai e consegue que Mulder e Scully sejam readmitidos no Arquivo X, o que não agrada em nada o Homem Fumante.

Arthur Dales chama Mulder e Scully à sua casa de veraneio na Flórida por estar preocupado com o desaparecimento de seus vizinhos. Apesar do violento furacão, Mulder e Scully saem para investigar e descobrem várias mortes estranhas causadas por uma criatura marinha semelhante a uma água-viva/povo que entrou pelo sistema de esgoto inundado.

Uma mulher é forçada a reviver o mesmo dia repetidamente enquanto tenta impedir que Mulder e Scully sejam mortos por seu namorado durante uma tentativa de assalto a banco. À medida que os eventos recomeçam infinitamente, a sensação de déjà-vu de Mulder fica cada vez mais forte.

Em seu primeiro caso oficial de volta ao Arquivo X, Mulder e Scully trabalham disfarçados como um casal casado em uma prestigiada comunidade planejada, onde vários moradores desapareceram recentemente após deixarem de cumprir as rígidas regras e regulamentos locais.

Um cachorro misterioso, que se acredita ser o último de uma rara raça asiática, é responsável por vários assassinatos que Mulder e Scully estão investigando. Agora, os agentes precisam encontrar uma maneira de deter o animal antes que ele ataque novamente.

Depois que um tornado passa por uma colônia penal, um dos detentos desaparece da solitária e o diretor do presídio é morto. Enquanto Mulder e Scully o rastreiam, descobrem que ele parece ter o poder de atravessar a matéria sólida modificando sua composição.

Um escritor que mora ao lado de Mulder fica obcecado por Scully e confessa a ela que a está usando como personagem em seu novo romance. Scully se vê estranhamente atraída por ele, muito embora o homem seja agora o principal suspeito no caso de assassinato que ela e Mulder investigam.

Mulder se encontra com o irmão do agente Arthur Dales (também chamado Arthur) e ouve a história de um talentoso jogador negro de beisebol em Roswell, Novo México, na década de 1940, que pode ter sido um alienígena fugido de sua colônia por causa de seu amor pelo esporte.

Durante uma infiltração em uma Convenção de Defesa do Governo em Las Vegas, os Pistoleiros Solitários se reencontram com Susanne Modeski, a mulher misteriosa que desapareceu dez anos antes, quando eles conheceram o agente Mulder.

Quando os corpos de um casal desaparecido há menos de uma semana são encontrados reduzidos a ossos, Mulder sugere que fenômenos paranormais recentes na área podem ter causado uma decomposição acelerada.

Dois cientistas discutem sobre objetos metálicos encontrados na África e teorizam que as peças são partes de um quebra-cabeça que pode ser a prova incontestável de que a vida humana, vegetal e animal não se originou neste planeta. Quando um dos cientistas é morto e os artefatos são roubados, os agentes investigam o caso e Mulder começa a sofrer graves dores neurológicas causadas pelos objetos.